Руководящими органами Морского собрания являются
Конференция Морского собрания является его высшим органом. Решение о проведении конференции принимается Советом старшин. Она проводится один раз в пять лет. Совет старшин определяет нормы представительства и порядок избрания делегатов на конференцию. К компетенции конференции относится утверждение Устава Морского Собрания, внесение в него изменений и дополнений, определение основных направлений и программ деятельности, избрание членов Совета старшин и членов ревизионной комиссии, а также досрочное прекращение их полномочий. Конференция приглашает Почетного председателя и духовника собрания. Она рассматривает неудовлетворенные жалобы членов собрания на решения, принятые Советом старшин, в том числе апелляции членов собрания, исключенных из него решением Совета старшин, а также рассматривает иные неурегулированные внутренние споры и конфликты, если таковые имеются. Конференция компетентна принимать решение о ликвидации или реорганизации Морского Собрания.
Совет Старшин является постоянно действующим руководящим органом Морского Собрания. Численный состав старшин устанавливает конференция. В настоящее время Совет Старшин состоит из 20 человек, включая председателя собрания. Совет старшин организует работу по выполнению решений, принятых конференцией. Заседания Совета Старшин проходят раз в месяц, как правило, в последний четверг.
Секретариат собрания осуществляет организационную и техническую работу по подготовке заседаний Совета старшин.
Для духовного руководства деятельностью Морского собрания Советом старшин может быть приглашен духовник собрания — православный священник. Он осуществляет связь Морского собрания с Русской Православной Церковью и решает вопросы соответствия деятельности МС принципам христианства.
